Olika smärttillstånd kan uppstå genom att samspelet mellan muskler och leder inte fungerar optimalt. Grunden för naparapati är ett helhetstänkande där ortopedisk medicin kombineras med specifik kunskap om rörelseapparatens uppbyggnad och funktion.
Behandlingsmetoderna en naprapat använder är mobilisering och manipulationstekniker i kombination med massage, triggerpunktsbehandling och stretching. Vid behov används även akupunktur, TENS, laser eller ultraljud. Behandlingen följs vanligen upp med individuella träningsprogram och råd om ergonomi samt eventuella hemövningar.